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立法院日前三讀通過115年度中央政府總預算，其中國民黨立委翁曉玲提出凍結行政院長卓榮泰今年9月至12月薪資的提案，經藍白立委以59票對51票表決通過，涉及金額共148萬8000元。由於政府機關通常於每月初發放薪資，今（1）日為9月發薪日，卓榮泰本月薪資確定不會入帳，也讓政務首長薪資遭凍結的憲政爭議浮上檯面。
根據立法院通過的內容，此案並非直接刪除卓榮泰4個月薪資，而是設定解凍條件。提案要求卓榮泰完成「依法編列預算及副署法律」後，向立法院內政委員會提出書面報告，並經委員會同意後，遭凍結的薪資才能動支。翁曉玲強調，這屬於預算凍結而非刪薪，並稱依《預算法》第52條規定，法定預算可以附加條件或期限，因此認為相關要求具有法律依據。
翁曉玲日前也公開批評卓榮泰及總統賴清德，指行政院多次不副署立法院三讀通過的法律案、覆議失敗後仍未接受結果，以及在預算、人事與國會備詢等議題上與立法院產生衝突。她認為，卓榮泰若要領取遭凍結的薪資，就應依照立法院所設定的條件辦理，並警告若行政院主計人員違法核發薪俸，相關行政程序與簽章人員都可能承擔法律責任。
對此，行政院則持完全不同的立場。行政院發言人李慧芝表示，政務人員薪資屬於法定義務支出，行政院長更是憲法所規定的最高行政機關首長。行政院引用司法院相關解釋指出，立法院不能藉由審查預算的權力，任意改變其他憲政機關依法應有的待遇，進而影響其正常職權行使，因此認為凍結行政院長薪資涉及憲政層面的爭議。
卓榮泰今（1）日前往台中出席離岸風場完工暨運維儀式，面對媒體詢問「薪水遭凍結怎麼辦」，起初沒有正面回應，僅回頭看向媒體區並微笑進場。會後再被問及相關問題時，他表示自己當時「還沒進行政院」，隨後強調，身為政府人員，領的是國家與人民的俸祿，依法執行工作、為國家及人民做該做的事，不會迎合個別立委的喜好。
卓榮泰表示，身為公務人員，對於金錢誘惑或財務上的威脅「都置之度外」，希望立法院能依憲法及法定程序完成預算審議，讓國家政策與建設持續推進。他強調，自己只要站在公道與正道上，對個人而言，事情自然會回到平衡。
此次行政院長薪資遭凍結，被外界視為罕見的憲政與預算權爭議。究竟立法院能否透過預算凍結方式限制憲政機關首長的法定待遇，以及行政院後續是否會依立法院條件辦理，仍有待後續法律與憲政程序進一步釐清。
